ترخیص کالای وارد شده به گمرک از یک فرآیند خاص و تخصصی برخوردار است که تحت عنوان تشریفات گمرکی ترخیص کالا شناخته می شود. این تشریفات با توجه به نوع رویه گمرکی و هدف از ورود یا صدور کالا متفاوت بوده و اسناد مورد نیاز در رویه های مختلف نیز متفاوت است. نکته قابل توجه این است که حقوقو ورودی صرفاً از کالاهایی اخذ می گردد که جهت واردات قطعی به گمرک اظهار شده و مقرر باشد که به صورت دائمی در قلمرو گمرکی بمانند. در مورد رویه های دیگر ذکر شده، گمرک راهکارهای خاصی از جمله اخذ ضمانت دارد.

مراحل ترخیص کالا
جهت ترخیص کالای موضوع واردات قطعی مراحل زیر طی می گردد :
۱. تنظیم اسناد و ورود داده
۲. احراز هویت و اظهار کالا
۳. کنترل های گمرکی
۴. پرداخت و صدور سند ترخیص
۵. بارگیری و خروج کالا از گمرک
۶. کنترل های بعد از خروج کالا

۱.تنظیم اسناد و ورود داده
صاحب کالا با نماینده وی در بدو ورود کالا به گمرک باید اسناد کالا را در دست داشته و با کنترل نهایی آنها آماده اظهار شود. اسناد مورد نیاز برای اظهار کالا جهت واردات قطعی عباتند از :
۱.۱ اظهارنامه واردات قطعی ( پیش نویس و فرم تکمیل شده چاپی )
۲.۱ کپی کارت بازرگانی معتبر ( مرتبه اول اصل کارت جهت کدینگ )
۳.۱ قبض انبار
۴.۱ بارنامه
۵.۱ ترخیصیه
۶.۱ گواهی مبدأ
۷.۱ فاکتور یا سیاهه خرید
۸.۱ اعلامیه تأمین ارز یا نامه برات ( در صورتی که روش پرداخت اعتبار اسنادی یا برات باشد )
۹.۱ پروفورما ( پیش فاکتور )
۱۰.۱ مجوز ثبت سفارش
۱۱.۱ لیست عدلبندی
۱۲.۱ بیمه نامه
۱۳.۱ پروانه بهره برداری ( حسب مورد برای شرکت های تولیدی )
۱۴.۱ کاتالوگ و بروشور ( حسب مورد )
۱۵.۱ مجوزهای قانونی جهت ترخیص کالا از قبیل گواهی بهداشت، استاندارد، انرژی اتمی، قرنطینه نباتی و سایر ( حسب مورد )
۱۶.۱ وکالتنامه رسمی، کارت حق العملکاری ( حسب مورد )
۱۷.۱ پروانه صادراتی ( در صورتی که واردات در مقابل صادرات انجام شود )
بعضی از اسناد از جمله مجوزهای موضوع شماره ۱۴.۱ به بعد از اظهار و در جریان ترخیص از سازمان مربوطه اخذ می شوند. این مجوزها عموماً به صورت اولیه در مرحله ثبت سفارش اخذ شده اند و بعد از رسیدن کالا و شورع کنترل های گمرکی، سازمان مربوطه با بررسی اسناد یا نمونه کالا اقدام به صدور مجوز نهایی می نماید. در هر صورت اظهار کننده اسناد را کنترل نهایی نموده و فرم پیش نویس اظهارنامه را با استفاده از آنها تکمیل می نماید. یکی از اطلاعات بسیار مهم و اساسی موجود در اظهارنامه، مبلغی است که توسط صاحب کالا به عنوان حقوق ورودی باید پرداخت گردد و در مرحله تکمیل اظهارنامه توسط خود وی ظهر اظهارنامه محاسبه می شود. این مبلغ در واقع ضرب ارزش گمرکی در مأخذ ( درصد ذکر شده مقابل تعرفه ۸ رقمی کالا در جدول مربوطه ) است که در قسمت های بعدی مورد بررسی قرار می گیرد. تکمیل اظهارنامه امری تخصصی و مهم است و اشتباه در تکمیل این فرم ممکن است آسیب های مالی و غیرمالی سنگینی را به نبال داشته باشد. بعد از تکمیل فرم اظهار نامه به صورت دستی، فرم تحویل قسمت ورود داده شده و اطلاعات در سیستم کامپیوتری تایپ و بر فرم اظهارنامه چاپ می گردد.
در چند سال اخیر با استفاده از سیستم کدینگ اطلاعات افراد وارد کامپیوتر شده و به هر فرد ( اعم از صاحب کالا، نماینده یا کارگزار ) یک شماره اختصاص داده می شود. وقتی فرد برای اولین مرتبه جهت اظهار کالا به گمرک مراجعه می نماید اطلاعات وی از طریق فرم های خاص اخذ شده و وارد کامپیوتر می شود و شماره کدینگ به وی اعلام می گردد. افراد با داشتن و ذکر آن شماره می توانند در کلیه گمرکات فعالیت نموده و کلیه اطلاعات آنها قابل بازیابی است. در هر صورت اظهار کننده موظف است بعد از تحویل گرفتن اظهارنامه چاپ شده آن را با فرم پیش نویس مطابقت داده تا در صورت وجود مغایرت اطلاح شده و در غیر این صورت آن را امضاء و به قسمت احراز هویت مراجعه می کند.

۲. احراز هویت و اظهار کالا
در دایره احراز هویت بررسی های گمرکی رسماً با تحویل اسناد از سوی اظهارکننده به این بخش آغاز می شود. دایره احراز هویت در واقع همان دایره فنی یا تطبیق اسناد است که در آن چند مورد مورد بررسی قرار می گیرد و در آخرین مرحله آن شماره ثبت یا به اصطلاح شماره کوتاژ در اظهارنامه به صورت دستی یا مهر درج می گردد. امور این دایره در گمرکات کوچک توسط یک کارشناس و در گمرکات بزرگ ممکن است توسط چند کارشناس انجام شود. در این دایره چند فعالیت مختلف انجام می شود که عبارتند از :
۲.۱ احراز مالکیت
۲.۲ احراز صلاحیت صاحب کالا
۳.۲ بررسی اسناد

احراز مالکیت
در گمرکات مختلف محموله های زیادی وجود دارد. بنابراین یک نکته بسیار مهم برای گمرک در انجام تشریفات گمرکی اطمینان از مالکیت صاحب کالا است. به بیان دیگر لازم است گمرک قبل از هر چیز مالکیت شخصی که اظهارنامه به نام او تنظیم شده را ثابت نماید. در واقع صاحب کالای بازرگانی شخصی است که اسناد خرید یا حمل به نام او صادر و از طرف بانک مهر شده و حواله ترخیص نیز به نام او باشد و یا اسناد مهرشده مزبور به نام وی ظهرنویسی و صحت و امضاء واگذارنده از طرف مقام صلاحیتدار گواهی شده باشد. مالکیت در گمرک از روی بارنامه و قبض انبار احراز می شود.

احراز صلاحیت صاحب کالا
احراز صلاحیت صاحب کالا بعد از احراز مالیکت صورت می پذیرد که به آن احراز شرایط نیز گفته می شود. شرایط مورد بررسی در این مرحله عبارتند از :
۱. عدم بدهی به گمرک (در ماده ۷ و ۸ قانون امور گمرکی آمده است)
ماده ۷ : کالای موجود در گمرک، وثیقه پرداخت کلیه وجوه متعلقه به آن کالا و سایر بدی های قطعی صاحب کالا بابت وجوهی است که وصول آن به موجب قانون برعهده گمرک است. گمرک قبل از دریافت با تأمین وجوه مذکور نمی تواند اجازه تحویل و ترخیص کالا را بدهد.
ماده ۸ : گمرک مجاز است هرگونه مطالبات قطهی خود ناشی از اجرای این قانون را از اشخاص به سازمان امور مالیاتی اعلام نماید تا سازمان مذکور آن را بر اساس قانون مالیات های مستقیم و آیین نامه اجرایی و اصلاحیه های بعدی آن وصول کند.
۲. فقدان، عدم اعتبار یا ابطال کارت بازرگانی
۳. محرومیت قانونی صاحب کالا از دخالت در اموال خود
۴. موارد قانونی که مانع دخالت فرد در امور تجاری است

بررسی اسناد
در این بررسی مندرجات اظهارنامه با سایر اسناد انطباق داده می شود از جمله اطلاعات مربوط به کالا، وزن، بسته بندی، کشور سازنده، کشور طرف معامله، مشخصات اسناد بانکی و دیگر اسناد. از سوی دیگر تعرفه کالا نیز در جدول مقررات صادرات و واردات مورد بررسی قرار می گیرد. در این مرحله کفایت اسناد از اهمیت خاصی برخوردار است و وجود بعضی اسناد از جمله سند حمل و قبض انبار کاملاً ضروری است اما بعضی اسناد را می توان با سپردن تعهد کتبی یا ارائه تضمین مالی بعد از مدت زمان تعیین شده و معمولاً قبل از خروج کالا از گمرک تحویل داد. در صورتیکه بعد از بررسی های فوق مشکل خاصی وجود نداشته باشد، کارشناس احراز هویت اسناد را به اظهار کننده برگردانده تا اصلاح یا نقایص مربوط رفع گردد. در صورت عدم وجود مغایرت یا مشکل و نقص، شماره ثبت یا کوتاژ روی اظهارنامه درج شده و تاریخ روز اظهار نیز نوشته می شود. بعد از درج شماره کوتاژ کالا اظهارشده تلقی می گردد و اسناد به اظهارنامه ضمیمه شده و لاک و مهر شده و از آن زمان به بعد صاحب کالا یا اظهارکننده نمی تواند بدون در نظر گمرک اسناد را جابجا یا کم و زیاد کند.

تعیین مسیر
کنترل های گمرکی در ادامه فرآند ترخیص با توجه به مسیر تعیین شده برای محموله انجام می شود. در گمرک با استفاده از سیستم مدیریت ریسک (انتخابی یا سلکتیویته) از سه مسیر سبز، زرد و قرمز استفاده می شود. تعیین مسیر توسط سیستم کامپیوتر و با توجه به عواملی همچون درصد مأخذ حقوق ورودی، نوع کالا، اعتبار صاحب کالا و اظهارکننده، کشور سازنده و تصادفی یا شانس است. در هر صورت در گمرک معمولاً اسناد کالا، ارزش و شماره ۸ رقمی تعرفه کالا، مجوزهای مورد نیاز جهت ترخیص و خود کالا، از انطباق بین آنها و جلوگیری از قاچاق اطمینان ایجاد می شود.
بعلاوه با بررسی ارزش استنباطی کالا و درصد مدخذ تعرفه کالا، حقوق ورودی کالا محاسبه می شود. از سوی دیگر با بررسی الزامات و شرایط ورود کالا و مجوزهای مورد نیاز برای ترخیص کالا، از رعایت کلیه شرایط ورود اطمینان ایجاد می شود. با توجه به این مطالب، گمرک به دلیل کمبود نیرو و زمان و مشکلاتی که ممکن است انجام تمام و کمال کنترل ها ایجاد نماید، از سیستم تعیین مسیر و مدیریت ریسک استفاده می کند. در این چارچوب از سه مسیر سبز، زرد و قرمز استفاده می شود که در ادامه به بررسی اجمالی هر مسیر اشاره می شود.
قابل ذکر است فرآیند ترخیص کالا بین گمرکات مختلف برای هر مسیر عیناً یکسان نیست و ممکن است تفاوت های کوچکی بین گمرکات مختلف به لحاظ ترتیب یا چگونگی اجرا وجود داشته باشد. در هر صورت مراحل اصلی فرآیند شبیه است و تفاوت زیادی بین گمرکات مختلف وجود ندارد و فرد ترخیص کننده بعد از اجرای یک مرتبه ترخیص در یک گمرک، می تواند فرآیند را کاملاً شناخته و اجرای آن را مستقلاً برعهده گیرد. در مرحله احراز هویت و تعیین مسیر معمولاً کارشناس فنی، کارشناس مسیر، ارزیاب و کارشناس ارزش مشخص می شوند. کارشناس فنی و کارشناس مسیر اسناد و الزامات ورود (مجوزهای مورد نیاز) را بررسی می کنند، ارزیاب به ارزیابی و بررسی فیزیکی کالا می پردازد و کارشناس ارزش نیز تناسب ارزش اظهاری با ارزش استباطی گمرک را کنترل می نماید.

۳. کنترلهای گمرکی ( ارزیابی )
بعد از اظهار کالا و درج شماره کوتاژ و لاک و مهر شدن اظهارنامه توسط کارشناس مربوطه، ارزیاب، کارشناس ارزش و کارشناس مسیر سند مشخص می گردد و در ظهر اظهارنامه در خانه مربوط به این موضوع درج می گردد. انتخاب مسیر و کارشناسان معمولاً توسط سیستم کامپیوتر و بر اساس درصد مأخذ حقوق وروردی، نوع کالا، اعتبار صاحب کالا و اظهارکننده، تجربه، تخصص و رشته کارشناسان است. هیچ ارزیاب و یا کارشناسی قادر به انجام کنترل های گمرکی برای تمامی کالاها نیست و تقسیم کار و تخصصی سازی در این امر از اهمیت بالایی برخوردار است. در گمرکات بزرگ نیز حیطه تخصص افراد مشخص است. حتی ترخیص بعضی کالاها پیچیده و خاص صرفاً از گمرکات مشخص امکان‌پذیر بوده و گمرکات نیز به سمت تخصصی‌شدن حرکت می‌کنند.
در هر صورت بعد از تعیین ارزیاب، اظهارنامه به وی ارجاع داده می شود و مرحله اصلی کنترل های گمرکی توسط وی آغاز می‌شود. مواد ۱۰۷ تا ۱۲۱ آئین نامه اجرایی قانون امور گمرکی مصوب سال ۱۳۵۱ در باب ارزیابی کالا بوده و نکات قانونی که باید رعایت شود را مشخص می‌کنند. در قانون جدید سرفصل مشخصی تحت این عنوان وجود ندارد و طبیعتاً در آئین نامه اجرایی قانون گمرکی مذکور به این موضوع پرداخته خواهد شد. اما از آنجا که مواد آئین نامه جدید، شباهت بسیار زیادی به مواد موجود خواهد داشت، در ادامه مواد مربوط به آئین نامه مصوب سال ۱۳۵۱ مورد اشاره قرار می گیرد. در هر صورت مرحله کنترل‌های گمرکی، کارشناسان تعیین‌شده ( ارزیاب، ارزش و کارشناس مسیر ) موارد متعددی را بررسی می نمایند که در زیر به آنها اشاره می گردد.